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EtO灭菌是一种低温过程（通常在37至63°C之间），该过程使用环氧乙烷气体降低感染因子的水平。 EtO以气体形式使用，通常与其他物质（例如CO2或蒸汽）混合。它主要用于不能承受典型的高压灭菌器高温的产品，例如塑料。要监视的主要物理参数是温度和相对湿度。

该过程的总长度可能会根据要灭菌的货物而有所不同，但是典型的周期为36到48小时。划分周期有两种主要方法：三相循环和五相循环。区别在于，三相循环确实会影响曝光前和曝光后的阶段。

环氧乙烷灭菌器是一个由四个主要变量组成的化学过程：气体浓度，湿度，温度和时间。 EO是一种破坏微生物DNA的烷基化剂，可阻止它们繁殖。EO渗透透气包装，并对产品的所有可及表面进行灭菌，以通过对细胞繁殖必不可少的蛋白质进行烷基化作用，使产品变得无菌。